آغا محمد خان به شرحى كه گذشت بعد از آنكه حكومت شاهرخ شاه افشار را در خراسان برانداخت ، هنگامى كه مىخواست با ايجاد تشكيلات جديد اشغال نظامى خود را به استقرار حكومت و سلطنت قاجار در آن ناحيه تبديل نمايد ، حمله سپاه روس به خاك قفقازيه مانع انجام مقصود وى گرديد و بر اثر مراجعت او به تهران ، خراسان فقط در حال اشغال نظامى باقى ماند و حكام قديمى كه هنوز به خاندان افشار و حكومت ضعيف شاهرخ علاقه‌مند بودند ، در انتظار حوادث جديدى كه حركت آغا محمد خان به قفقازيه ايجاب مىكرد نشستند . زمانشاه پادشاه درانى افغانستان براى آنكه در برابر نفوذ و قدرت سلطنت قاجار در ايران موقعيت خود را در هرات مستحكم سازد و در صورت لزوم بهانه‌اى براى حمله به خراسان داشته باشد ، نادر ميرزا فرزند شاهرخ را كه از مشهد گريخته بود پناه داد و چون خبر قتل آغا محمد خان منتشر شد و حكام خراسان رويه استقلال‌طلبى را از نو گرفتند ، وى سپاهى به كمك نادر ميرزا مأمور و او را روانه مشهد نمود . نادر ميرزا بر مشهد دست يافت و برخى از حكام خراسان را با خود موافق ساخت و اين پيش‌آمد لشكركشى به خراسان را از طرف فتحعلى شاه ايجاب نمود ولى او در آن وقت ( سال 1213 - 1214 هجرى ) گرفتار كشمكش با صادق خان شقاقى « 1 » در حوالى قزوين و سلطانيه بود و چون از كار او فراغت يافت به خراسان لشكر كشيد . سه دسته سپاه به سردارى فتحعلى شاه و صادق خان شقاقى و محمد ولى خان قاجار از معابر متعدد شمال و مركز خراسان به مشهد حمله بردند . نادر ميرزا تاب مقاومت نياورد و تسليم شد « 2 » و حكام محلى خراسان « 3 » نيز چون غلبه را با سپاه قاجار ديدند سر به فرمان نهادند ( ربيع الاولى 1214 هجرى قمرى ) . اين لشكركشى به خودسرى حكام خراسان خاتمه بخشيد ولى هنوز زمانشاه در هرات دم از استقلال مىزد و حكام محلى بلخ و بخارا تعهدات خود را نسبت به فرمانبردارى از حكومت مركزى ايران فراموش كرده بودند .

--> ( 1 ) - صادق خان از سران سپاه آغا محمد خان و نزد او مقرب بود و على الظاهر در توطئه قتل او نيز شركت داشت . بعد از قتل آغا محمد خان در حوالى شوش بعضى از جواهرات وى را تصرف نمود و با بخش عمده سپاه عازم تسخير تهران شد . ولى در قزوين به دست فتحعلى شاه مغلوب گرديد و به خدمت او درآمد . ( 2 ) - نادر ميرزا عاقبت در سال 1217 به دست محمد ولى ميرزا فرمانفرماى خراسان دستگير و به تهران روانه شد . فتحعلى شاه امر داد زبان و دو دست او را بريدند و او از آن رنج و عذاب بدرود حيات گفت . ( 3 ) - معروف‌ترين حكام مزبور عبارت بودند از : جعفر خان بيات حاكم نيشابور و ممش خان حاكم چناران كه بعد از تسليم ؛ به حكومت همان نواحى منصوب شدند .